首都とは国中一番のみやこ、帝城、中央政府のある所、首府のことであるが、日本で「首都」という語が一般化したのは第二次世界大戦後のことであり、戦前から戦後しばらくまでは「主都」（プライメイトシティ）を「首都」と記述する事例もおおく明確な区別はなかった。現在の概念にあたる首都は1868年（明治元年）以来、主に「帝都」と称され、1950年（昭和25年）の「首都建設法」制定以降になって「首都」の語が普及した。
日本の首都にあたるみやこは有史以来、畿内（現在の近畿地方）で遷都してきた。794年に桓武天皇により定められた平安京以来、遷都宣言により法令、憲法または現行法などで直接的な表現で定めたものはない。しかし、現在の首都は一般的には「首都建設法」（昭和25年法律第219号：廃止）により定められた東京都であるとされている。 「首都圏整備法」（昭和31年法律第83号）では、東京都が首都であることを前提に、東京都の区域及び政令で定めるその周辺地域（首都圏整備法施行令により、埼玉県、千葉県、神奈川県、茨城県、栃木県、群馬県及び山梨県）を首都圏と定めている。
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首都建設法は1956年（昭和31年）に廃止されており、現在有効な法（現行法）で「首都は東京都」と直接的な表現を用いて定めるものはないが、東京都が首都とみなされる理由としては、日本国憲法で「日本国の象徴であり日本国民統合の象徴」と規定される天皇が常在し、皇居が東京都に所在すること、同じく憲法で国会（立法府）、首相官邸や中央省庁（行政府）、最高裁判所（司法府）という三権の最高機関のいずれもが東京都（中でも千代田区）に所在することが挙げられる。国会召集の詔書には、国会議事堂が所在する「東京に召集する」と書かれる。また、国際的にも東京都が日本の首都とみなされている。